Die Ursprünge gehen auf Unterdiakon Wilhelm Kadler zurück, der 1913 erste Gemeindemitglieder in Seegefeld sammelte. 1914 wurde eine Wohnung für Gottesdienste angemietet, doch der Erste Weltkrieg erschwerte das Gemeindeleben.
1923 entstand die Landgemeinde Falkensee durch den Zusammenschluss der Dörfer Seegefeld und Falkenhagen. 1927 wurde nach kurzer Planungs- und Bauzeit eine neu erbautes Kirchengebäude eingeweiht. Der Gemeinde gehörten 98 Mitglieder an. Trotz der Herausforderungen des Zweiten Weltkriegs wuchs die Gemeinde weiter, auch durch den Zuzug von Flüchtlingen in den Nachkriegsjahren.
In den folgenden Jahrzehnten erlebte die Gemeinde Mitgliederzuwächse und organisatorische Veränderungen, wie die Einrichtung von Unterbezirken (1953) oder die Einbindung neuer Gebiete (z. B. Schönwalde 1959). Umfangreiche bauliche Veränderungen und Renovierungsarbeiten wurden 1964, 1965 und 1998 vorgenommen. Besondere Höhepunkte im Gemeindeleben waren das 75-jährige Jubiläum 1989, die Festlichkeiten zum 100-jährige Bestehen 2014, sowie die Grundsteinlegung für das neue Kirchengebäude 2018.
Im Laufe der Zeit kam es zu mehreren Wechseln in der Gemeindeleitung, zuletzt 2019 mit der Zusammenlegung der Gemeinden Falkensee und Finkenkrug hier in der Schwarzburger Straße 2.
Neuapostolische Kirche